El Logis Internacional del Far Empordà-Vilamalla està projectat des de fa una dècada i està vinculat a la terminal ferroviària que va ser construïda el 1989. Aquesta infraestructura s'ha utilitzat per al transport ferroviari de vehicles, però també va ser utilitzada per a l'arribada dels materials destinats a les obres de l'alta velocitat en el seu tram fronterer. El 2008 Cimalsa, que dissenya o opera en una xarxa de centres logístics de tot el territori català, va fer-se'n càrrec de cara a la seva futura integració al Logis Empordà. L'entitat va subscriure un acord amb Renfe Mercaderies per fer-ne ús durant deu anys i renovables deu més. Es va configurar per ser una terminal de contenidors. L'acord també va implicar l'Autoritat Portuària. El projecte global i més ambiciós és que a les setanta tres hectàrees del Logis hi hagi empreses logístiques que puguin està connectades a la terminal ferroviària. Però perquè això sigui possible s'ha d'impulsar la reconversió de l'actual infraestructura. La nova estació i les seves connexions a la xarxa convencional i de l'alta velocitat havia de tenir una superfície de 41 hectàrees i una platja de vies d'ample mixt, ibèric i internacional, a banda d'altres instal·lacions ferroviàries. La clau perquè tiri endavant és la connexió a la xarxa ferroviària, convencional i d'alta velocitat. La inversió es xifrava en 62,2 milions d'euros. El projecte es va quedar encallat i la Generalitat va començar fa dos anys a buscar noves fórmules per evitar que es paralitzés. Es va fer una aposta per un primer projecte de menor inversió, el que ara es tira endavant i que hauria d'atraure més empreses. Actualment n'hi ha mitja dotzena en les 22 hectàrees de les 73 que estan urbanitzades.
