La proposició de Llei de Transitorietat preveu que els jutjats i tribunals hauran d'arxivar o anular els processos penals contra investigats o condemnats per "conductes que cerquessin un pronunciament democràtic sobre la independència de Catalunya o la creació d'un nou estat de manera democràtica i violenta". A més, en el capítol judicial, el Tribunal Superior de Justícia de Catalunya se substituirà pel Tribunal Suprem, màxim òrgan judicial, que tindrà una Sala de Garanties Democràtiques equivalent a l'actual Tribunal Constitucional espanyol. Com a òrgan de govern judicial es crearà, entre altres una comissió mixta entre el Suprem i el Govern.

Pel que fa al sistema judicial general, està recollit al Títol V, entre els articles 65 i 79. Es crea un poder judicial català per primer cop des de la recuperació de l´autonomia, però és continuista en relació amb la planta, les places i les normes processals. S´adopta la planta judicial existent a Catalunya amb adaptacions puntuals. La continuïtat de la planta també es lliga a la continuïtat en les places que ocupen els magistrats, jutges, fiscals i lletrats, els quals les mantenen amb els mateixos drets econòmics i professionals si han ocupat plaça a Catalunya els tres anys anteriors a la llei i no hi renuncien. Els que portin menys de tres anys, podran sol·licitar el seu ingrés seguint la normativa vigent. Els fiscals i lletrats de l'administració seran nomenats pel Departament de Justícia.

En virtut de la clàusula general de continuïtat de les normes, es continuen aplicant, amb caràcter general, les normes processals vigents. L'article 79 també estableix automàticament, des de l'entrada en vigor de la llei, de dos mesos de pròrroga dels terminis per presentar recursos i accions judicials a jutjats de fora de Catalunya perquè es puguin interposar davant dels òrgans judicials catalans corresponents. I també estableix que el Govern de Catalunya "proposarà a l'estat espanyol la signatura d'un acord de cooperació judicial".

Composició i formació dels òrgans judicials

L´actual Tribunal Superior de Justícia de Catalunya esdevé el nou Tribunal Suprem de Catalunya. Manté els magistrats i les sales actuals amb algunes adaptacions. L´actual Sala Civil i Penal es desdobla en una Sala Civil i en una altra de Penal, i hi haurà una Sala Social i una Contenciosa-Administrativa. Es crea una Sala Superior de Garanties que tractarà els recursos d´empara que abans de la successió anaven a parar al Tribunal Constitucional espanyol, els conflictes de jurisdicció, les impugnacions especials de reexamen i els recursos electorals, entre d´altres que li pugui atribuir la llei.

La Sala Superior es compon pel president del Tribunal Suprem, els presidents de les altres quatre sales i dos magistrats designats pel Parlament, per majoria absoluta, entre juristes de reconeguda competència amb 15 anys d´exercici professional.

A banda, es dissenyen dues institucions per a assegurar que el nou poder judicial s´autogoverna de manera independent però alhora coordinada amb el poder executiu. La Sala de Govern del Tribunal Suprem, la qual exerceix el govern del poder judicial, es compon pel president del Tribunal Suprem, els presidents de Sala d´aquest Tribunal, els presidents de les audiències provincials i cinc magistrats o jutges elegits pel Parlament, per majoria absoluta, d´entre els membres de la carrera judicial. La Comissió Mixta, que reuneix de manera paritària la Sala de Govern del Tribunal Suprem i el Govern de Catalunya, té funcions rellevants com proposar el nomenament del president del Tribunal Suprem i dels presidents de Sala d´aquest Tribunal. Tot i això, la Llei no prejutja ni condiciona decisions com la creació o no d´un Tribunal Constitucional o d´un Consell General del Poder Judicial que correspon adoptar al poder constituent.

El president del TS serà nomenat pel president de la Generalitat a proposta de la Comissió Mixta, i el fiscal general serà nomenat pel Parlament, a proposta de la Generalitat i un cop escoltada la Sala de Govern del TS.

Consell de Garanties Democràtiques

D'altra banda, el Consell de Garanties Estatutàries passa a denominar-se Consell de Garanties Democràtiques i exercirà les funcions de "control d'adequació" a la Llei de Transitorietat dels projectes i proposicions de llei que tramiti el Parlament i dels decrets legislatius del Govern. Els seus dictàmens tindran caràcter vinculant, recuperant la versió inicial de l'Estatut aprovat pel Parlament el 2005, en relació als projectes i proposicions de llei que desenvolupin o afectin drets reconeguts a la Llei de Transitorietat. La composició i el funcionament del Consell seguiran igual que fins ara.