La Sindicatura de Comptes ha alertat d'importats irregularitats a la Fundació del Liceu, almenys fins la temporada 2014-2015. El document ha trobat incidències, alguna d'elles fins i tot denunciable judicialment, en l'àmbit del patrocini i mecenatge, la contractació i acomiadament de personal i el control comptable intern. En la realització de l'informe hi ha hagut diverses limitacions en el seu abast que posen de manifest «debilitats en el control intern de la Fundació». A més, els procediments comptables seguits per la Fundació no permeten obtenir la composició de determinades partides de despeses i ingressos, fet que dificulta el seu seguiment i control.
Es tracta, per exemple, de falta de conciliació entre els llistats de seguiment d'aportacions i d'espais llogats i la comptabilitat, falta de detall de les remuneracions pendents de pagament al personal o de factures pendents de rebre, falta de documentació o justificació de traspassos d'efectiu al Consorci i falta d'informació sobre produccions donades de baixa.
La Fundació ha aplicat preus i descomptes en la venda d'entrades i abonaments, en els lloguers d'espais i en les visites del Teatre que no consten en les tarifes aprovades i que l'òrgan competent no ha aprovat. A més, per a l'exercici fiscalitzat cap òrgan de la Fundació no havia aprovat les tarifes dels serveis addicionals prestats als arrendataris dels espais del teatre, sinó que es negociaven de forma individual amb cada client.
La Fundació té subscrits contractes de mecenatge i patrocini, en efectiu i en espècie, amb diverses empreses, en els quals atorga, a més de la difusió corresponent com a patrocinador, beneficis que són valorables econòmicament. Aquest fet fa que el negoci jurídic que acaba tenint lloc no s'ajusti ni a la figura del conveni de mecenatge ni a la del contracte de patrocini.
A més, la Fundació no valora els beneficis atorgats als patrocinadors, alguns dels quals han rebut tots els beneficis pactats però no han lliurat tots els béns o serveis que havien d'aportar, i alguns patrocinadors van pagar amb molt retard. Altres patrocinadors van cedir a terceres entitats els espais cedits pel Liceu sense estar previst en el contracte de patrocini o fins i tot prohibint-se explícitament, i fins i tot, en un cas, amb afany de lucre.
La Fundació va acomiadar del 2009 al 2015 un total de 93 treballadors per motius econòmics, organitzatius i productius amb indemnitzacions de 20 dies per any treballat, però posteriorment, durant la conciliació va admetre l'acomiadament improcedent i va augmentar les indemnitzacions. La Sindicatura considera que la Fundació hauria hagut d'esperar les resolucions judicials.
L'1 de setembre del 2015 la Fundació va signar un acord d'extinció d'una relació civil d'arrendament de serveis professionals que la Sindicatura considera que no és ajustat a dret i que podria donar lloc a fets «perseguibles administrativament i judicialment».
Paral·lelament, la Sindicatura considera que la Fundació va contractar de forma directa diverses prestacions de serveis que s'haurien d'haver proveït mitjançant procediments de contractació amb respecte dels principis de publicitat, concurrència i no discriminació.
