El Tribunal Suprem ha desestimat el recurs de cassació interposat per l'empresa promotora del Fluvià Nàutic de Sant Pere Pescador que pretenia que s'anul·lés la protecció sobre els terrenys que va establir la Generalitat el 2003 i que va obligar-los a aturar el projecte. Això suposa que els terrenys continuaran com a no urbanitzables. Continua pendent de resoldre's als jutjats la reclamació de 19 milions d'euros com a indemnitzazió per la pèrdua de valor dels terrenys.

La sentència amb data 20 de desembre de 2012 és ferma i tanca un procés judicial que va començar fa gairebé deu anys després de desclassificar-se uns terrenys que el planejament de Sant Pere Pescador considerava aptes per urbanitzar des de la dècada dels vuitanta quan Rumasa va començar a arrancar el projecte. L'empresa navarressa VLV els va comprar anys més tard amb el mateix objectiu de construir una urbanització de luxe a peu dels canals. El planejament de Sant Pere es va revisar i la comissió d'Urbanisme li va donar el vistiplau el 2001. Continuava mantenint que era sòl apte per urbanitzar, però Iaeden va interposar un recurs d'alçada al conseller que seria l'inci d'un canvi a la qualificació.

El 12 de febrer del 2003 el conseller de Política Territorial i Obres Públiques del moment, Felip Puig, acceptava el recurs i desclassificava el sòl. L'empresa com a Transcom Shelfco Tres va optar per interposar un recurs contenciós al Tribunal Superior de Justícia de Catalunya (TSJC) contra la desclassificació. Només es va estimar una part de la demanda de l'empresa i es considerava que no era un sòl d'alt valor agrícola. La Generalitat, però, el va protegir amb el Pla Director del Sistema Costaner. A més, els mateixos terrenys van quedar afectats pel pla especial del Parc Natural dels Aiguamolls de l'Empordà el 2010. Durant anys, la classificació ha estat pendent del recurs de cassació interposat per l'empresa que ara el Suprem ha desestimat. Segons l'alcalde de Sant Pere, Jordi Martí, això suposa que el sòl continuarà com a no urbanitzable amb la protecció que li dóna el Pla del Sistema Costaner. Només la Generalitat podria decidir que aquesta classificació permet algun tipus d'actuació, tot i que es considera una possibilitat molt poc probable. En aquest moment, els propietaris tenen autorització per explotar amb amarraments els canals.

La sentència tanca una via judicial però queda pendent de resoldre la indemnització que demana l'empresa de 17.940.000 euros per la pèrdua de valor dels terrenys, i dos milions d'euros addicionals per despeses diverses de tramitació de projecte. I la demanda s'adreça tant a la Generalitat com a l'Ajuntament. Es va interposar el 2010 i els demandats continuen preparant la defensa. L'alcalde de Sant Pere creu que la sentència del Suprem podria tenir alguna incidència sobre la demanda civil.