L'Agència Catalana de l'Aigua (ACA) considera prioritària la millora del sanejament de Castellfollit de la Roca. En aquest sentit, en el Pla de Gestió de Districte de Conca Fluvial de Catalunya i el seu Programa de Mesures (que està en tramitació) es preveu dur a terme aquesta millora del sanejament en el període comprès entre l'any 2016 i 2021. De moment, l'ACA no ha establert si farà una depuradora nova o ampliarà l'actual.

L'estació de sanejament actual va ser posada en servei el 1994 i va ser la primera de les localitats de la Garrotxa, després de la d'Olot. L'activació de les depuradores de Castellfollit, Sant Joan les Fonts (1995), la Vall d'en Bas i Argela?guer (2010) van suposar una important millora en la qualitat de les aigües de la conca alta del Fluvià. Això no obstant, 21 anys després la depuradora de Castellfollit ha arribat al límit de la seva capacitat.