La Universitat Rey Juan Carlos va permetre que Cristina Cifuentes incomplís tots els terminis legals en la matrícula del seu màster en Dret Autonòmic. Es va matricular a finals de desembre de 2011, amb el curs ja en marxa, quan el primer trimestre de les classes d'aquest màster ja havia acabat i saltant-se tots els terminis legals de la Universitat. Les classes del màster de Cifuentes es van iniciar el dijous 22 de setembre de 2011, segons eldiario.es. El màster era presencial i l'horari intens: dijous a la tarda, divendres a la tarda i dissabte al matí, des de setembre de 2011 fins a finals de juny de 2012; entre 12 i 15 hores setmanals. Cada assignatura comptava per 3 crèdits. Hi havia 12 assignatures en total, més 24 crèdits pel treball de fi de màster. Segons els nous crèdits ECTS després del pla Bolonya, Cifuentes hauria d'haver invertit unes 1.500 hores entre classes, estudi, treball o presentacions acadèmiques.

Per altra banda, la Conferència de Rectors de les Universitats Espanyoles va designar com a observadors externs en la investigació oberta per la Universitat Rey Juan Carlos sobre el polèmic màster el director del servei d'Inspecció de la Universitat de Burgos, José Ángel Contrera, i la cap de l'Àrea d'Inspecció de Serveis de la Universitat de Múrcia, Carmen Ruiz.