La decisió d'Itàlia de no permetre l'entrada als seus ports de l' Aquarius amb 630 migrants a bord ha tingut un efecte col·lateral no desitjat: una crisi diplomàtica amb França davant les crítiques arribades des d'aquest país a l'actuació de les autoritats de la nació transalpina. El Ministeri d'Exteriors italià va convocar l'ambaixador francès a Roma per comunicar-li que «el Govern italià considera inacceptables les paraules usades en les declaracions públiques realitzades a París, també a nivell governamental, sobre la qüestió del vaixell Aquarius», va informar en una nota després de rebre l'encarregada de negocis francesa, ja que l'ambaixador no era a la capital.

El viceprimer ministre i ministre d'Interior italià, Matteo Salvini, va considerar que, al marge de les «explicacions» que l'ambaixador pugui donar pels «insults dirigits no només al Govern sinó a un poble entre els primers al món en solidaritat i acollida», França hauria de disculpar-se. La portaveu del Ministeri d'Exteriors francès, Agnes von der Muhll, va optar per un to conciliador, afirmant que el Govern és plenament conscient de «la càrrega que la pressió migratòria està suposant sobre Itàlia».