El retorn del Figueres a Tercera ha coincidit en el temps amb la celebració del vintè aniversari de la fallida promoció d'ascens a Primera, amb el desè de la històrica participació a la Copa (eliminats pel Deportivo en semifinals) i amb el cinquè de l'obligada refundació del club a Tercera Regional fruit de la decisió de l'aleshores president, Enric Flix, d'endur-se la SAE a Castelldefels. Dues dècades de la història de la Unió, per tant, marcades per emocions de tot tipus, des d'estar a tocar de l'elit fins a haver de tornar a començar a les catacumbes del futbol. El Figueres obre ara una nova etapa en la qual ha de consolidar-se a la nova categoria i plantejar-se si a mig termini es veu capaç de buscar reptes més ambiciosos.

El juny de 1992 Figueres era a punt de tocar la glòria però el Cadis ho va impedir. El mateix dia que la Flama olímpica arribava a Empúries, la Unió queia per 2-0 al Ramon de Carranza; en el partit de tornada, l'equip que dirigia Jorge d'Alessandro no va poder passar de l'empat a un i, per tant, el somni de la Primera Divisió es va esvair. Una temporada més tard l'equip perdia la categoria i tornava a Segona B, on va militar fins que el 2007 Enric Flix va decidir endur-se la SAE a Castelldefels cosa que va obligar la Unió a refundar-se. Abans, però, el club havia recordat la seva època daurada a Segona amb una històrica participació a la Copa del Rei 2001/02. De la mà de Pere Gratacós el Figueres va eliminar Terol, Barça, Osasuna, Novelda i Còrdova, abans de caure contra el Deportivo a les semifinals (0-1 a Vilatenim i 1-1 a Riazor). Va ser el millor paper fet mai per un modest a la competició i fins aquest any ningú havia estat capaç d'igualar-lo (Mirandés), encara que l'Athletic, en aquest cas, els va eliminar de manera molt més clara que no pas el Dépor als empordanesos deu anys enrere.

Vuitanta-vuit anys d'història és el que es va carregar Enric Flix el 28 de juny de 2007 quan, aprofitant la seva majoria accionarial, va aprovar el trasllat del club a Castelldefels. Figueres es quedava sense futbol, però diversos socis, petits accionistes i antics directius es van mobilitzar per refundar l'entitat a Tercera Regional. En només cinc anys han passat de la categoria més baixa del futbol regional a Tercera Divisió, amb un balanç de 125 victòries, 22 empats i tan sols 18 derrotes després de 165 partits. L'equip d'Arnau Sala va celebrar l'ascens diumenge a Sant Feliu i encara li queden tres partits més abans d'acabar una altra temporada exitosa.