La Fundació Príncep de Girona -com es va anomenar inicialment- va néixer l´any 2009 de la mà de quatre entitats profundament vinculades a les comarques gironines: la Cambra de Comerç, Caixa Girona, la Fundació Gala-Dalí i La Caixa. Els seus impulsors van ressaltar que el Principat de Girona «és, sens dubte, un dels nostres símbols més apreciats», i van subratllar que Felip de Borbó «sempre ha posat en relleu el seu compromís amb Girona». Domènec Espadalé (Cambra de Comerç), Arcadi Calzada (Caixa de Girona), Ramon Boixadós (Fundació Gala-Dalí), Isidre Fainé i Leopoldo Rodés (La Caixa), al costat de Felip i Letizia, van ser les primeres cares visibles del projecte. En els darrers temps, tanmateix, Girona ha anat perdent cada cop més pes en els òrgans de decisió de l´entitat.

El primer president de la Fundació va ser Antoni Esteve, d´Esteve Química, mentre que la direcció general va recaure en el garrotxí Arcadi Calzada que més endavant es desvincularia de l´entitat, coincidint amb la desaparició de Caixa Girona. Calzada va ser el primer gran impulsor de la Fundació. Esteve va continuar com a president fins al juny de 2015, quan va deixar pas al barceloní Francisco Belil, vicepresident de la Fundació Bertelsmann. La presidència de l´entitat sempre ha estat en mans d´empresaris barcelonins. També va deixar la Fundaciò Josep Lagares, que n´era el vicepresident. Sí que ara ocupa un gironí la simbòlica vicepresidència d´honor, Carles Puigdemont, com a President de la Generalitat.

En la comissió delegada del Patronat -màxim òrgan de decisió de l´entitat-, en aquests moments només queden el notari Enric Brancós, que exerceix de secretari; el president de la Cambra de Comerç, Domènec Espadalé (entitat que, tanmateix, sovint s´ha posat al costat de la Generalitat en el procés sobiranista); i els empresaris Tomàs Feliu (Hijos de José Bassols S.A.) i Judit Viader (Frit Ravich). La majoria de membres de la Comissió, en canvi, no tenen arrels gironines: hi ha, entre altres, Antonio Asensio Mosbah (Grupo Zeta), Javier Botín (Fundació Marcelo Botín), Carlos Godó (Grup Godó de Comunicació) i José Manuel Lara García (Planeta). La Fundació Gala-Dalí i altres empresaris gironins segueixen vinculats al projecte, però ja no formen part de la cúpula de poder.

La direcció de la Fundació recau, des de 2010, en la barcelonina Mònica Margarit, mentre que el director tècnic és el gironí Salvador Maneu, molt vinculat a Càritas i Creu Roja. A més, recentment han fitxat un nou director de Comunicació, el periodista alemany Eric Hauck, també barceloní. El nucli central de la direcció executiva s´ha anat desplaçant cap a Barcelona.