L'aprovació de la compra del fons del crític d'art Rafael Santos Torroella, en una tensa sessió plenària celebrada el 14 de febrer de 2014, va ser un dels moments més polèmics del mandat de Carles Puigdemont com a alcalde de Girona. De fet, Puigdemont, que governava en minoria, va haver d'usar el seu vot de qualitat per desfer l'empat que es va produir en la votació: onze vots favorables de CiU i el regidor no adscrit Carles Palomares (exPP), onze en contra del PSC, la CUP i ICV i dues abstencions del PP i del regidor no adscrit Carles Bonaventura (exCUP).

La col·lecció es va adquirir per 3,9 milions d'euros que s'han d'anar pagant de forma fraccionada entre els anys 2014 i 2019. En aquell moment, tant l'oposició (sobretot PSC i CUP) com la Plataforma Aigua és Vida van denunciar que el govern de CiU tenia previst pagar part del fons amb el cànon de l'aigua, i la plataforma va iniciar una forta campanya en contra. Tot i això, segons expliquen ara fonts municipals, en realitat el cànon de l'aigua no es va arribar a utilitzar mai per al pagament del fons. Com a mínim, a nivell administratiu.

Segons indiquen, en aquell moment, l'Ajuntament tenia previst destinar un milió d'euros de pressupost ordinari a millorar la gestió de l'aigua: 600.000 euros per al manteniment de la xarxa de sanejament, 285.000 euros per al pla de sanejament i 115.000 per al servei d'aigua potable. Però la renovació del contracte de gestió de l'aigua amb l'empresa mixta Agissa (80% privada i 20% pública) fins el 2020 va permetre que el consistori rebés 3,75 milions d'euros en concepte de cànon. Aquest fet, indiquen les mateixes fonts, va permetre «alliberar» el milió d'euros del pressupost ordinari que s'havien de destinar a les millores de manteniment per destinar-lo a la compra del fons Santos Torroella, mentre que un milió d'euros del cànon es van destinar a les millores previstes, tal com estableix la llei.

D'altra banda, el consistori també subratlla que el cost final que tindrà per a les arques municipals la compra del fons Santos Torroella serà de 2,8 milions d'euros, ja que tenen compromesos 800.000 euros de la Generalitat -que es restarien de l'impost de successions- i 300.000 euros de la Diputació que estarien vinculats també al projecte museístic de la Casa Pastors. El mes d'octubre de 2017 es va resoldre, precisament, el concurs de projectes per a l'adequació de l'edifici com a Museu d'Art Modern i Contemporani. El guanyador va ser el despatx d'arquitectura Jordi Bosch Genover.

Acord del ple de l'ajuntament de Girona - Febrer de 2014

2. Considerar la despesa plurianual de caràcter excepcional [...] atenent el període i imports compromesos a futur següents:

2015: 700.000 euros

2016: 600.000 euros

2017: 600.000 euros

2018: 500.000 euros

2019: 500.000 euros

3. Destinar la quantitat d´un milió d´euros a fer front al compromís de pagament de l'any 2014, d´acord amb el pacte quart del document de compravenda de la col·lecció i atenent l'establert a la base 30a d'execució del pressupost municipal de 2014, amb càrrec a la partida «Adquisició col·lecció Santos Torroella», que serà habilitada amb l'aprovació de l'expedient de modificació de crèdit per transferència entre partides i atesa l'afectació que s'acorda en aquest acte del cànon inicial resultat del conveni subscrit amb la societat Aigües de Girona, Salt i Sarrià de Ter SA per a l'exercici 2014 i següents al finançament de la despesa municipal relacionada al cicle integral de l'aigua (subministrament i sanejament) i que permet alliberar el crèdit previst al pressupost municipal per a l'exercici 2014 de les partides següents:

Transferència negativa:

Manteniment xarxa sanejament: 600.000 euros

Pla de sanejament: 285.000 euros

Servei d'aigua potable: 115.000 euros

Transferència positiva:

Adquisició col·lecció Santos

Torroella: 1.000.000 euros»