Tot i comptar amb mecanismes de protecció, la mà de l'home continua sent un dels principals riscos de les zones protegides. Hotels, noves infraestructures, camps de golf i habitatges amb vistes als espais naturals sovint posen en risc aquestes àrees. El Parc dels Aiguamolls de l'Empordà pateix especialment els efectes de la pressió urbanística. "Aquest espai protegit es troba en una zona molt poblada fronterera amb muncipis turístics com Roses, l'Escala o Castelló d'Empúries", recorda el director del Parc, Sergi Romero, que assegura que "aquest alt índex de població exerceix una forta pressió sobre el territori. L'augment d'habitants en aquesta àrea s'ha traduït en l'increment d'infraestructures com ara línies elèctriques que provoquen un elevat impacte sobre la fauna del parc".

Per la seva banda els ecologistes segueixen de molt a prop el treball de les administracions públiques per evitar possibles incompliments de les normatives mediambientals. En referència al futur Parc Natural del Montgrí, les Medes i el Baix Ter, que està pendent d'aprovació, alerten que "cada dia que passa la connectivitat entre la plana del Baix Ter i el Massís del Montgrí es veu més amenaçada amb l'imparable creixement d'urbanitzacions, zones industrials i equipaments turístics".

Per conservar l'alt valor natural de la província, són moltes les veus que reclamen una ampliació de les hectàrees protegides. La Diputació de Girona ha promogut aquest any la redacció del Catàleg d'Espais d'Interès Natural i Paisatgístic de les Comarques gironines, realitzat per LA COPA, Cooperativa de Projectes Ambientals i l'Associació de Naturalistes de girona, on s'inclouen un total de 212 espais més de protecció. Tenint en compte la superfície que representen els espais delimitats pel Catàleg, un 44,25% més dels que hi ha actualment, això suma un total de 78,32% de la superfície de les comarques gironines amb valors naturals i paisatgístics reconeguts.