Paral·lelament a la demanda d'acomiadament, Manel Serra i l'advocat penalista Benet Salellas també van presentar una querella contra dos càrrecs del Consorci de la Costa Brava, el secretari Jordi Batllori i el cap dels serveis jurídics, Pere Saló. Segons Serra, uns dies abans que es fes efectiu el seu comiat, els dos homes li van retenir i impedir l'accés al seu correu tant ordinari com electrònic. L'exgerent sosté que van canviar els panys per barrar-li el pas al despatx i que també van fer canviar els codis del seu ordinador per evitar que entrés al sistema. A principis de maig, tant Saló com Batllori -representants per l'advocat Carles Monguilod- van declarar al Jutjat d'Instrucció número 4 de Girona en fase d'instrucció. També ho van fer Manel Serra i l'informàtic del Consorci.