Entitats ecologistes, entre aquestes la IAEDEN, denuncien que el nou Pla de gestió del districte de conca fluvial de Catalunya que ha presentat l'ACA no estableix un cabal mínim o ecològic per a la Muga en el tram comprés entre Pont de Molins i la desembocadura. De tirar endavant la mesura, els ecologistes asseguren que es posaria en perill tot l'hàbitat associat al riu i que es convertiria en «una claveguera a cel obert» perquè tota l'aigua que hi circularia provindria de depuradores o pobles sense sistema de sanejament. També alerten que podria comportar una pèrdua de qualitat de l'hàbitat dels Aiguamolls de l'Empordà i una creixent salinització de la part baixa del riu i dels pous més propers al mar.

L'ACA nega que no es prevegui garantir el cabal.

Els ecologistes critiquen que el Pla, en exposició pública fins el proper 16 de setembre, no justifica perquè no es vol definir un cabal mínim per a la Muga. Amb tot, i segons un dels seus articles, el 14, els ecologistes asseguren que la Generalitat es reserva el dret d'aprovar qualsevol activitat al riu encara que tingui un impacte negatiu i vagi en contra de la Directiva Marc de l'Aigua. Activitats com ara la construcció d'infraestructures per a la prevenció d'incendis o la construcció de xarxes viàries, ferroviàries i de serveis, per exemple. Per tot plegat, reclamen a la Generalitat que reconsideri la definició d'un cabal mínim per a la Muga en base al Pla Sectorial de Cabals de Manteniment de les Conques Internes de Catalunya del 2006 de l'ACA i que «es prengui seriosament» la gestió sostenible de l'aigua com a política de conservació bàsica dels recursos més elementals del país.

Iaeden ha anunciat que inicien una campanya de defensa de la Muga sota el lema 'M'agrada la Muga' (#magradalamuga).

La Generalitat nega rotundament que el pla de gestió no prevegui un cabal mínim per als rius. A la Muga diu que no es pot garantir estable i fix durant tot l'any però es predran mesures.