L'Alt Empordà va registrar del març del 2020 a l'abril del 2022 més ingressos per covid-19 que la mitjana catalana, tot i tenir menys casos detectats. Així es desprèn de les últimes dades analitzades a través de l'observatori INDIKA de la Fundació Salut Empordà. En concret, durant aquest període la comarca va tenir 28.503 casos, per sota dels 29.821 de Girona o els 30.537 de Catalunya. En canvi, la taxa d'ingressos per 100.000 habitants va ser major: 1.342 a l'Alt Empordà; 1.065 a Girona i 1.196 a Catalunya. Tot i això, la taxa de defuncions va ser menor: 235 a l’Alt Empordà, 282 a Girona i 343 a Catalunya. D'altra banda, les dades revelen que hi ha un major nombre d'ingressos entre pacients més grans de 40 anys per la covid-19 i en homes.