La Sinagoga de Besalú ha estat declarada Bé Cultural d'Interès Nacional en la categoria de zona arqueològica. La declaració, segons l'alcalde, Lluís Guinó (CiU), suposa més protecció i més difusió. L'alcalde va explicar que la tramitació ha durat tres anys. El batlle ha afirmat que aquest títol respon a motius històrics justificats i ha valorat la gran influència que la cultura jueva va tenir durant una època dins la societat catalana.

El nou bé cultural comprèn les restes referencials de la sinagoga medieval, la micvé o banys rituals, el pati i la sala d'oracions. Es tracta d'un dels pocs conjunts sinagogals que es conserven a Europa i destaca no sols per l'interès científic del registre arqueològic, sinó també pel fet que hi ha una important documentació arxivística d'època medieval. Entre els habitants jueus de Besalú el doctor Manuel Grau Montserrat va documentar l'existència de 25 metges entre el 1297 i el 1408.

La micvé (banys rituals i de purificació) destaca pel seu excel·lent estat de conservació. L'alcalde de Besalú explica: "s'ha pogut conservar intacta, perquè va estar segles soterrada". La mikvé formava part del conjunt cerimonial de la comunitat jueva que va habitar a Besalú del segle XI al XV.

Els banys eren usats tant per homes com per dones i també s'hi purificaven objectes d'ús personal com vaixelles i estris usats durant la Pesah, la pasqua jueva que commemora l'èxode dels hebreus a Egipte.

Altres espais del conjunt són el pati, on s'hi realitzaven festivats i casaments; l'escola, on s'impartien classes a nens i adolescents, i la sala d'oració, amb galeria superior per a les dones separada de l'espai per als homes. La sinagoga no només tenia usos religiosos sinó que també s'hi celebraven reunions civils.

Els treballs de museïtzació de la zona es van concentrar en dues fases. La primera va suposar la recuperació de la fisonomia original de la sinagoga, datada del segle XIII, i la recuperació d'elements relacionats amb les activitats hidràuliques de l'edifici el 1601. La segona fase va consistir en l'adequació de la plaça i l'obertura del Portal dels Jueus a la façana fluvial, des d'on es veu el pont medieval.