L'enllosat original del pont medieval de Sant Joan les Fonts és del segle XV. Es tracta del resultat dels sondejos arqueològics fets en les darreres setmanes. Primer van aixecar l'asfalt posat a la dècada dels 80. A partir d'aquí van trobar capes de paviment molt fines, primer del segle XIX i després de l'època Moderna (del segles XVII i XVIII). Aquests darrers eren uns paviments de pedra compactada.

Al final han comunicat el descobriment de l'enllosat original que Maribel Fuertes (arqueologa responsable de les prospeccions ha datat al segle XV). Ha definit: "Es tracta d'un empedrat de pedra local, de format mitjà i gran, ?disposat en pla". A partir de la troballa la feina continuarà en extensió.

Tot i que l'existència del pont data del segle XIII, és molt possible -segons l'arqueologa- que durant el primer terç del segle XV, a conseqüència dels terratrèmols quedés destruït. Segons el seu criteri, la construcció podria datar-se al voltant de l'any 1450.

Això és el que mitjançant els sondejos arqueològics d'aquests propers dies esbrinaran, amb l'estudi de la capa original. L'arqueòloga ha explicat que el que s'intueix a primera vista és que l'ull central del pont és gòtic, i per tant pot correspondre perfectament al segle XV. Així doncs ha valorat que el paviment del segle XV és l'original.

Pel que fa als paviments posteriors al del segle XV, hi han trobat uns guarda-rodes disposats a una equidistància d'un metre, que van ser construïts de forma rectangular.

Els guarda-rodes eren utilitzats als vorals dels camins o carreteres de pas per evitar que els carros sortissin fora i poguessin topar amb la paret del pont. De moment, n'han trobat sis.

El pont formava part del recorregut d'una carretera, al costat de la qual hi havia les masies que van ser l'antecedent del poble actual. Sabater, Cisteller, Murunys, Domènech i continuaven en línia en direcció a la Vall de Bianya fins a la muntanya del Capsacosta. Era el camí fet pels romans i conegut com a Via Annia.

El pont és el receptor d'un camí que comunica amb el camí de França a través de Castellar de la Muntanya, Toralles i Beget. Així doncs el pont era un punt de confluència de camins.

A més de trobar el paviment original, els treballs han determinat que el paviment i les parets interiors es trobaven en mal estat, la barana tubular no seguia la línia dels materials primaris i els serveis eren obsolets.