El trànsit de mercaderies s´ha convertit en una assignatura pendent i és objecte de llargues reivindicacions. Bàsicament perquè ara no és rendible en la línia d'alta velocitat en el tram Figueres-Perpinyà i perquè l´alternativa no s´ha materialitzat. Ara, pel túnel del Pertús per on passen els trens del TAV, hi poden passar en ample internacional tant viatgers com mercaderies però les obres per convertir en internacional el tram Figueres-Portbou (sense passar pel túnel, fent-lo més rendible) no han començat.
La Comissió Europea va admetre que els problemes al tram de la frontera no eren en el transport de viatgers sinó en el de mercaderies. La fallida de TP Ferro (en liquidació), que gestionava el túnel del Pertús van fer evident el problema. El mateix Tribunal de Comptes de la UE va alertar en un informe que no s´havien complert els objectius, ja que, de mitjana, «menys de quatre trens de mercaderies» utilitzen la línia pel túnel. A això cal afegir-hi que el cost per accedir al tram és sis cops superior per a un tren a l´equivalent per un camió per l´autopista.
