El Tribunal de Comptes també detecta «defectes o omissions» en el projecte inicial de les obres dels túnels urbans i l'estació de Girona en la Fase 1 i que s'haurien d'haver previst. Es va adjudicar per 240,2 milions però va tenir un sobrecost de 57,2 milions arribant a costar 297,4 milions (+23,8%). Els treballs van començar l'abril del 2008 i tenien un termini d'execució de 30 mesos (per acabar l'octubre del 2010) però en van ser 87.

Entre altres, es detallen casos com una modificació el 2011 per 47 milions per unes «variacions de mesures» i omissions en les peticions sol·licitades pel consistori que són «necessàries» com carrils bici o pel bus-taxi, trasllat d'estàtues i que no eren «causes imprevistes» sinó «errors i omissions».

El projecte també es va ampliar per acabar feines a la coberta del pou d'atac el 2014 i quedava pendent per definir la coberta de l'estació «per part de l'Ajuntament» incrementant el termini en 10 mesos però «no resulta coherent» perquè al març del 2014 «quedava pendent d'executar el 0,3%» i estava «compromès i no pagat en l'exercici 2015, per 764.000 euros».

El 2015 es van aprovar dues modificacions més, incrementant el termini en 6 mesos. La primera per «treballs pendents a la coberta i la tramitació d'un segon modificat, sense que consti la seva autorització». La segona per «activitats pendents de concretar per l'Ajuntament com adequar l'entorn urbà d'una sortida d'emergència».

El dels túnels i l'estació de Girona va ser l'únic contracte que es va haver de suspendre per les pluges del 29 i 30 de novembre del 2014, que van inundar l'estació. Entre les deficiències, es destaca que l'acord de suspensió es va adoptar el 17 de gener del 2015 però l'acta no es va fer extensiva fins al març del 2015, «vulnerant» la llei de contractes que dona «un termini de 10 dies». Per evitar que es repetissin les inundacions es va «restituir el riu Güell a la situació original» i «fer un mur perimetral al pou d'atac», entre altres, per 1,9 milions. Una emergència «plenament justificada» però «va posar de manifest una elaboració deficient del projecte inicial», ja que una de les obres era restituir el riu.

L'informe critica un contracte d'obres complementàries que va convalidar l'import de l'adjudicació (6,2 milions) quan eren actuacions ja executades i «contràries a la contractació pública». Es va justificar per la reurbanització de zones que «per raons de conjuntura econòmica no s'urbanitzarien en fases posteriors» i per seguretat als túnels. «Les obres de construcció de túnels urbans han de dotar-se de les mesures necessàries de seguretat i, per tant, estar previstes».