L'any 2005, una instrucció per part del departament de Justícia i la direcció general d'Afers Religiosos establia que la Generalitat signaria convenis de col·laboració amb les confessions religioses que tenen acords de cooperació amb l'Estat espanyol: òbviament la catòlica, però també la musulmana, l'evangèlica i la jueva. L'objectiu era -i segueix essent- poder oferir atenció religiosa als centres penitenciaris catalans per a aquelles confessions que compten amb un major nombre d'interns. A hores d'ara, el departament de Justícia ja ha signat els acords amb la Conferència Episcopal Tarraconense, el Consell Evangèlic de Catalunya i el Consell Islàmic. En el cas dels jueus, el conveni no s'ha arribat a materialitzar perquè no hi ha prou interns que ho demanin, segons apunten fonts d'Afers Religiosos.

Aquests convenis estableixen, doncs, que determinats capellans, pastors i imams acreditats poden accedir a les presons catalanes per tal d'oferir assistència religiosa als interns que així ho demanin. La periodicitat de les visites és variable i depèn de la disponibilitat de cada confessió i de l'organització interna del propi centre penitenciari. El conveni també estableix una aportació econòmica variable de part de la Generalitat per cobrir els desplaçaments i altres despeses.

Cada confessió designa quin dels seus representants pot entrar a la presó, ja siguin ministres de l'església o voluntaris que els acompanyen. Han de complir, però, amb certs requisits: a banda d'identificar-se, els imams, pastors o capellans han de presentar el certificat de penals -l'espanyol, en cas que siguin de nacionalitat espanyola, i sumar-li el del seu país d'origen en cas que siguin estrangers-, així com una acreditació de la confessió a la qual pertanyen. En el cas dels voluntaris, en canvi, no cal que es presenti pròpiament el certificat de penals, tot i que sí que es controla que no tinguin antecedents i que no hi hagi hagut una comunicació prèvia amb els interns (i, en cas que n'hi hagués hagut, determinar per quina raó, si personal o estrictament religiosa). D'aquesta manera, la Generalitat exerceix un cert control sobre qui entra a les presons. En alguns casos, com per exemple els evangèlics, la confessió organitza un curs de formació sobre el mon penitenciari, tot i que per la Generalitat no és un requisit indispensable per poder oferir atenció religiosa (en canvi, si es tracta d'un voluntariat, l'administració catalana sí que l'exigeix).

Tot i això, un intern té dret a demanar que l'assisteixi un capellà, un pastor o un imam que no constin en el registre de persones acreditades -per exemple, algú amb qui tinguin una especial confiança o que formin part d'una comunitat específica- . En aquests casos, el pres ho pot demanar a través d'una instància, i llavors la Generalitat, a través d'Afers Religiosos i el departament de Justícia, procura que l'assistència pugui arribar el més ràpidament possible.

A banda de les religions catòlica, evangèlica i musulmana, hi ha altres confessions amb qui la Generalitat no té un conveni estrictament signat però amb qui tenen molta tradició de col·laboració. Entren en aquesta categoria els Testimonis de Jehovà, els adventistes i els ortodoxos, un col·lectiu cada cop més nombrós i per al qual hi ha cada cop més demanda. En aquests casos, la Generalitat autoritza una determinada quota de personal de cada confessió per tal que pugui entrar al centre per atendre els seus fidels sense problemes.

Pel que fa a la resta de confessions, de caràcter més minoritari (com poden ser, per exemple, els sikhs o els jueus), la Generalitat preveu que els presos puguin demanar assistència religiosa i el propi govern s'encarrega de buscar la persona adequada perquè l'atengui de forma puntual (és a dir, que la confessió pot atendre aquell intern en concret però sense entrar a fer proselitisme).

Actualment, al conjunt de Catalunya hi ha 390 persones vinculades a confessions que estan registrades per poder oferir aquest servei. Hi ha activitats que es fan de forma regular -com el culte o l'acompanyament- , mentre que també se'n fan d'especials quan arriben festivitats com el Nadal o la Setmana Santa. A més, gràcies a un acord amb l'Associació Unesco pel Diàleg Interreligiós (AUDIR), també es fan sessions per promoure el coneixement de la diversitat religiosa entre els interns.