La pandèmia del coronavirus suposarà per a la Fundació Salut Empordà (FSE) una despesa no contemplada en el pressupost del 2020 de 810.835,23 euros. Aquest total inclou 249.687,41 euros de consums de material sanitari i 249.652,52 euros de personal (s'han fet 153 contractes nous) en el període que va del 16 de març a l'1 de juny, quan la pandèmia ha tingut més incidència a l'Alt Empordà. També cal sumar-hi 311.495,3 euros en concepte d'inversions i petites obres per adaptar les instal·lacions dels tres centres de la FSE. Algunes de les actuacions ja s'han dut a terme i d'altres s'executaran en les properes setmanes, amb l'objectiu d'adequar els serveis a les noves necessitats derivades de la COVID-19 i garantir la seguretat dels usuaris i dels professionals. Entre les inversions hi ha la compra d'aparells nous, com són 8 monitors per la Unitat de Monitorització (UMO) del servei d'Urgències (53.240 euros), una rentadora per reforçar el servei de Bugaderia (8.317,24 euros) o un miniautoclau per a esterilitzacions (6.500 euros).
Des de principis de març i fins al mes de setembre també es duran a terme diverses obres, com és el cas de la construcció d'un passadís exterior que connectarà l'Edifici Est amb Consultes Externes i reduirà el pas de persones per l'interior de l'hospital (134.000 euros) i la creació d'una nova consulta del servei de Pneumologia per a les espirometries (25.000 euros), entre d'altres.
