El transport de mercaderies va començar a funcionar per aquest enllaç internacional dos dies després que ho fessin els trens de passatgers, és a dir, el 21 de desembre de 2019. Al llarg d'aquests deu anys, més de 10.000 trens de mercaderies Renfe han circulat a través del túnel del Pertús. Això significa una mitjana de menys de tres trens al dia. Aquests serveis han estat, principalment, de contenidors i plataformes d'automòbils, tot arribant a transportar al voltant de nou milions de tonelades.
Per tant, igual que en el transport de viatgers, el pas de trens de mercaderies pel Pertús ha estat molt inferior al previst. Habitualment, només l'utilitzen alguns trens que procedeixen, majoritàriament, del port de Barcelona. La pandèmia, a més, no ha fet més que empitjorar la situació: així com l'any 2019 va assolir la xifra rècord de 356 combois, la crisi sanitària i econòmica ha passat factura. El passat mes de maig, les previsions apuntaven que enguany el tràfic de mercaderies pel Pertús experimentaria una caiguda del 30% del seu tràfic de mercaderies, tot i que la persistència de la pandèmia pot haver alterat els resultats.
