La recent detecció d'una sèrie d'afectacions en un dels pilars principals, on a la part baixa s'ha trobat sorra, ha motivat el tancament al públic de l'església del monestir de Sant Miquel de Cruïlles. Aquest desgast podria afectar l'estructura de l'edifici i, tot i que ara mateix no perilla la seva estabilitat, el Consell Comarcal del Baix Empordà ha optat per tancar les portes fins que s'hagi restaurat la part afectada. Segons ha assenyalat el president d'aquest organisme, Joan Manel Loureiro, en declaracions a Diari de Girona, en el moment en el qual es van detectar les humitats, «els tècnics de la Generalitat van venir per analitzar la situació i vam acordar que calia reforçar l'estructura».

Tot i ser propietat del Bisbat de Girona, la gestió del monestir es troba en mans del Consell Comarcal des de l'any 2006, quan es va firmar el conveni entre el Departament de Cultura de la Generalitat, la Diputació de Girona, el Bisbat, el Consell Comarcal i l'Ajuntament de Cruïlles, Monells i Sant Sadurní de l'Heura. El conveni implica que el Consell Comarcal s'ha de fer càrrec del manteniment de l'equipament, sempre que es tracti de petites reparacions. «En aquest cas no podem parlar de manteniment, perquè es tracta d'un tema estructural», ha explicat el mateix Loureiro.

Per aquest motiu, i segons confirma el mateix president del Consell Comarcal, actualment estan estudiant amb el Bisbat i el Departament de Cultura de la Generalitat l'elaboració d'un projecte «per apuntalar bé la columna afectada». «Està previst que passat l'estiu es podrà fer el projecte per reforçar la columna, veure quines altres accions cal realitzar i, a partir d'aquí, podrem saber quin pressupost necessitarem», afegeix.

L'última rehabilitació de l'església, que va comptar amb un ambiciós projecte tant de l'interior com de l'exterior, va tenir un cost de 400.000 euros que, en aquella ocasió, va aportar de forma íntegra l'Obra Social La Caixa, en el marc del programa Romànic Obert. La reobertura de l'equipament va tenir lloc a principis de 2016 amb un acte solemne, amb presència del llavors president de la Generalitat, Carles Puigdemont, i del, en aquell moment conseller de Cultura, Santi Vila. En aquella ocasió es va intervenir el campanar vell i nou, es va estabilitzar l'estructura i es van recuperar algunes obertures, entre altres accions. Considerat una de les obres més representatives del romànic a Catalunya, el monestir de Sant Miquel de Cruïlles pertany a la primera meitat del segle XI. L'església compta amb tres absis semicirculars i un cimbori amb cúpula que s'alça damunt del creuer.