La darrera campanya d'excavacions arqueològiques a l'interior de la basílica de Castelló d'Empúries ha posat al descobert part de l'estructura original del retaule d'alabastre del segle XV que corona la basílica de Santa Maria.
Segons les investigacions realitzades, el retaule hauria tingut una base en forma poligonal amb dos graons i bastida amb llosses de marbre. Tot fa pensar que es va desmuntar parcialment, probablement, durant el segle XVIII, i això ha provocat que durant més de 300 anys no s'hagi pogut veure aquesta part que va quedar oculta sota la base actual.
L'arqueòloga que ha dirigit les excavacions, Anna Maria Puig, assegura que es tracta d'una troballa important, tot i que només és «l'empremta» del que va ser l'estructura de suport del temple.
La intervenció tenia un doble objectiu. Per una banda, demostrar els resultats obtinguts en l'exploració amb georadar de l'any 2007 a l'interior de la nau, que van proporcionar els primers indicis de construccions anteriors que correspondrien a les esglésies romànica i preromànica. I en segon lloc, es volia estudiar el subsòl de la capçalera de l'actual temple, concretament a la zona de l'altar on es troba el retaule, per a respondre a diverses incògnites sobre l'estructura i també a algunes de la patologies que pateix l'edifici. Els arqueòlegs van constatar que la capçalera estava fonamentada sobre un desnivell respecte la nau, a quatre metres per sota de la plataforma on es va construir i els anteriors temples romànic i preromànic.
