El 12 de setembre de 2012, El Molinón, el camp de l'Sporting, en un partit de Copa, va ser testimoni del debut de dos joves futbolistes amb el primer equip del Girona. Rubi, aleshores el tècnic dels de Montilivi, va donar l'alternativa a Pere Pons, que tenia 19 anys, un migcampista de Sant Martí Vell format al club des de les categories inferiors, i també al porter Isaac Becerra, de 24, que havia passat per la base de l'Espanyol i la del Reial Madrid. Sis anys després, Pons s'ha convertit en un pal de paller indiscutible del primer equip, amb 177 partits oficial entre Lliga, Copa i play-off, 34 dels quals, a Primera divisió; Renovat fins el 2020, el migcampista de Sant Martí Vell és un dels exponents d'allò que en diuen «orgull gironí» i té l'afició a la butxaca gràcies a la seva qualitat. Humana i, per descomptat, futbolística. Becerra, l'altre protagonista d'aquella nit a Gijon, és suplent al Nàstic, cuer de Segona A, després que la decisió de canviar el Girona pel Valladolid fa tres temporades no li sortís bé.

Format al futbol base del Girona des de nen i integrant del juvenil de Divisió d'Honor que va fer història unes temporades enrere quedant només per darrere de Barça i Espanyol, Pere Pons ha estat tota la vida al club excepte la segona volta de la temporada 2013/14, quan Oriol Alsina va decidir cedir-lo a l'Olot, de Segona B (es va perdre aquella miraculosa permanència a Segona A amb l'arribada de Pablo Machín, que en la següent temporada ja el convertiria en un referent indiscutible). Pere Pons es va estrenar en un partit de Copa a Gijon que no va tenir història, acabant com sol ser habitual en aquesta competició amb la ràpida eliminació de l'equip. Quan ell va entrar a la gespa, amb mitja hora per davant, rellevant Garmendia, els locals ja dominaven per 2-0, el que seria el marcador definitiu, gràcies als gols de Nacho Cases i Trejo. Aquell Girona va formar amb Becerra, Jose, Tébar, Richy, Garmendia , Ariday, Toni Moral, Jandro, Benja, Migue i Junca. A més del migcampista de Sant Martí Vell, a la segona part també va sortir Acuña.

Només quatre dies més tard, Pere Pons s'estrenaria en Lliga amb el primer equip. Va ser en aquella recordada golejada al Las Palmas (5-0), amb ell al damunt de la gespa de Montilivi durant una hora. Aquell dia també va entrar substituint Garmendia, que es va lesionar de molta gravetat al genoll dret. Aquell curs Pere Pons jugaria un total de 9 partits a Segona. Va ser l'any de la fallida promoció d'ascens contra l'Almeria. Una temporada més tard, amb Ricardo Rodríguez, va tenir cert protagonisme fins al desembre, quan el tècnic va ser fulminat. Aleshores es va decidir que aniria cedit a l'Olot. El Girona lluitava per una permanència que cada cop semblava més utòpica fins que Machín, que va suplir Javi López, va obrar el miracle. A partir del seu retorn, el curs 2014/15, Pons ja no va tenir aturador. 42, 39 i 38 partits a Segona, incloent-hi promocions, demostren que el seu paper a l'equip ja era indiscutible.

L'estiu passat el Girona el va renovar fins al 2020. L'ascens a Primera va permetre que pogués seguir al club perquè ja feia temps que tenia pretendents de la màxima categoria, com ara el Vila-real. La temporada passada va actuar en 31 de les 38 jornades del campionat. I aquest curs ha jugat els tres partits disputats, tot i que va ser suplent en la jornada inicial contra el Valladolid. Pere Pons també sap què és fer gols amb la samarreta del Girona. En aquests sis anys n'ha marcat tres, al Sabadell, l'Almeria i el Numància.