Pere Guardiola ja és l'accionista principal del Girona FC que a més li donen la majoria, segons consta a la Memòria de Comptes Anuals 2018/19 que el club té penjada a la seva plana web. Allà es trenca el que fins ara es donava per fet, que Guardiola, a través de l'empresa Girona Football Group, i el City Football Group tenien la mateixa participació en l'accionariat, com havien explicat que succeïa quan a finals d'agost de 2017 les dues parts van entrar a l'entitat.
Aleshores es repartien el 88,6% del pastís amb un 44,3% cada un, mentre que l'11,4% restant es mantenia en poder dels petits accionistes. Aquest paquet majoritari l'havien adquirit a l'empresa TVSE Futbol, participada pels exdirectius de Canal+ França Jean-Louis Dutaret i Samir Boudjemaa, que l'estiu de 2015 havien comprat la majoria accionarial del Girona a Josep Delgado, amb la intermediació de Guardiola.
En l'informe s'especifica que el club «pertany a un grup de societats (...) on la dominant directa és Girona Football Group», amb seu als Països Baixos, en concret a Amsterdam. Aquesta és l'empresa a través de la qual Pere Guardiola va formalitzar la seva entrada a l'accionariat. En la memòria comptable de la temporada passada s'assenyala que aquesta societat disposa del 50,91% de les accions (908.665) i supera el 47% que acredita el City Football Group (838.959 títols). El capital social del Girona ascendiria als 7.138.320 euros, i les accions tenen un valor nominal de 4. En total la SAE té repartits 1.784.580 títols.
Guardiola i el City van entrar el 2017 al Girona amb un 44,3%. En la memòria de la temporada 2017/18 no hi apareix el Girona Football Group com a copropietari principal amb el City, sinó que encara hi figura TVSE Futbol Société par actions simplifiée. En tot cas, aquesta societat i la de Manchester encara eren copropiàtaries a parts iguals, amb un 47,0115% del pastís. Aquesta part és la que segons l'informe del Girona encara manté el City, i que el Girona Football Group ha augmentat fins el 50,91% probablement adquirint participacions de petits accionistes.
El Girona es va transformar en SAE el 30 de juliol de 2009, amb l'aleshores president, Josep Gusó,com a accionista majoritari. L'estiu de 2010, poques setmanes després que el club evités el descens (i qui sap si la desaparició) amb el penal de Kiko Ratón contra el Múrcia (1-1), Gusó es desprenia dels seus títols i deixava l'entitat en mans de l'empresari Josep Delgado.
El següent canvi de mans es va tancar l'estiu de 2015, quan encara era viva la decepció per l'ascens frustrat contra el Lugo i la posterior eliminació del play-off davant del Saragossa, que va remuntar un 0-3 a Montilivi (1-4). Delgado, que aquella temporada havia tingut el club en concurs de creditors i la dissolució havia arribat a ser una amenaça real, semblava que vendria a l'argentí Ricardo Pini, però finalment, amb la intermediació de Pere Guardiola, va traspassar l'entitat als francesos Dutaret i Boudjemaa, de TVSE Futbol.
El Girona, aquella mateixa temporada, va començar a col·laborar amb el City, amb l'arribada com a cedits de jugadors com Lejeune, Sobrino, fitxat del Ponferradina, i Maffeo, però també com Nwakali, que no va ni debutar. El City Football Group -un conglomerat propietat d'una empresa d'inversió d'Abu Dhabi amb el Manchester City com a referent principal-, va acabar transformant aquesta col·laboració amb la seva entrada a l'accionariat del Girona el 2017, fent tàndem amb Pere Guardiola. Curiosament, aquesta és la primera temporada des de la 2015/16 en què no ha arribat cap futbolista a préstec des de l'Etihad. La direcció esportiva ha tret importància a aquesta circumstància al·legant que no s'havia trobat cap jugador que complís les condicions per venir.
