El juny del 2012 l'experiència de l'Almeria va barrar el pas a la il·lusió del Girona cap a Primera. El conjunt andalús va esperar els de Rubi a la final del play-off i va ascendir a Primera. Al cap de pocs dies, però, l'entrenador de l'ascens, el basc Javi Gracia i el club no s'entenien a l'hora de renovar i la banqueta quedava buida. En comptes de cercar un altre entrenador de fora per encarar la temporada del retorn a Primera, l'Almeria se la va jugar amb el jove tècnic del filial, Francisco Rodríguez, de només 35 anys. L'experiència de l'andalús, natural d'Almeria i exjugador del club, es resumia en dues temporades amb el filial a Segona B.

La jugada li va sortir d'allò més bé a l'Almeria que, de la mà de Francisco va aconseguir la permanència a Primera en l'última jornada a casa contra l'Athletic Club. La temporada següent, tanmateix, el club andalús no va tenir paciència i va fulminar Francisco a la catorzena jornada després d'haver sumat 10 punts. Això sí, Francisco va ser destituït amb l'Almeria fora dels llocs descens. Després de Francisco, per la banqueta hi passarien Juan Ignacio Martínez i Sergi Barjuan que no van poder evitar el descens del club a Segona B.

Després d'Almeria, Francisco ha entrenat l'UCAM Múrcia i el Lugo a Segona A i l'Osca la temporada passada a Primera.