El dilluns, dia 20 de juliol de l'any 1936, a primera hora del matí, varen ser saquejats el monestir de les Bernardes, el temple parroquial del Mercadal, i la rectoria. Pocs dies després s'inicià l'enderroc dels tres edificis per endegar un projecte de transformació d'aquella cèntrica zona urbana, que estava molt atapeïda i convenia esponjar. El monestir ocupava un considerable espai. S'havia construït l'any 1492, en un moment en què la Girona de l'esquerra de l'Onyar era una barriada que estava per fer i en la qual hi havia molt d'espai disponible. L'entrada del cenobi i de la seva església eren per una plaça, o més aviat una placeta, però els carrers de l'entorn eren extraordinàriament estrets, tant el que s'anomenava de Les Bernardes, que ara és part del de Santa Clara, com el de les Hortes. El temple parroquial ocupava el mateix espai que ocupa en l'actualitat. La rectoria es trobava al davant de l'església, i entre l'edifici i l'horta ocupaven una bona part de la que és ara la plaça de Santa Susanna, estenent-se fins el carrer Eiximenis.

L'espai que deixarien lliure les tres edificacions era bastant extens. La corporació municipal tenia la idea de bastir-hi la plaça d'abastaments. El mercat diari se celebrava a la Rambla des de feia segles, i una aspiració ciutadana era de disposar d'una plaça coberta. Però havia de ser en un lloc cèntric. Deu anys abans s'havia projectat aixecar un edifici sobre l'Onyar, on ara hi ha la plaça de Catalunya. Però quan els fonaments ja estaven enllestits, un canvi de corporació municipal suspengué les obres, i fins es parlà de buscar responsabilitats als edils que havien acordat tirar endavant aquell inoportú projecte. La necessitat de disposar d'aquell servei públic era evident, però es necessitava molt d'espai i que fos cèntric, i això en la Girona d'aquell temps resultava difícil. Quan, els anys quaranta, s'emprengué l'obra de l'actual plaça es formularen moltes protestes, argumentant que l'emplaçament era molt llunyà del centre urbà. La corporació que regia la ciutat des del 20 de juliol del 1936 cregué que havia arribat el moment oportú per aixecar l'edifici que la ciutat anhelava des de feia anys. Però no comptaven que si bé l'espai era suficient, els accessos no eren fàcils. Tots els carrers d'aquell entorn eren molt estrets, i per tant la circulació no hi seria fàcil. Però la principal dificultat estava en la situació extraordinària que s'estava vivint. Aquells solars tenien uns propietaris que, a causa de les circumstàncies, no podien fer valer els seus drets. Però aquell estat de coses seria definitiu? Potser creien que sí. O que en tot cas es refiaven de l'eficàcia dels fets consumats. El ritme de realització de les obres no podia ser gaire ràpid; els mitjans de què es disposava eren molt rudimentaris. Es necessitava molta mà d'obra i no hi havia la maquinària que modernament enllesteix en pocs dies l'enderroc d'un edifici. Tot i que es treballava amb llestesa, l'obra a executar era important i necessitava el seu temps.

La casa rectoral desaparegué aviat, com també el monestir amb el seu temple. El solar que havia deixat el monestir , de moment serví per construir-hi un refugi antiaeri, per tant ja no es podia pensar en edificar la plaça del mercat fins que s'acabés la guerra. L'enderroc del temple parroquial fou més laboriós i quan s'exhauriren els dos anys i escaig que durà el conflicte , encara quedava molt per fer. El resultat de la guerra no es podia pas preveure. Tant podien guanyar els uns com els altres. Si guanyaven uns potser l'obra del mercat es podria realitzar; tampoc hi havia una absoluta garantia. Però si guanyaven els altres sí que era segur que la propietat d'aquells terrenys tornaria a la situació d'abans del juliol del 36, i tant la Parròquia com la comunitat cistercenca recuperarien la seva propietat.

La guerra acabà amb el resultat que tots coneixem. Des del febrer del 1939 l'Església podia reprendre la seva activitat pública i recuperar les seves propietats. Tanmateix ningú s'hauria proposat tornar edificar un monestir en el centre urbà. El segle XX no era el segle XV, i ni tant sols la comunitat cistercenca projectava instal·lar-se en el seu antic emplaçament. Quan tingueren possibilitats, deixaren el pis que provisionalment habitaven, a la plaça de Sant Josep, i compraren una casa pairal de Salt per adaptar-la com a monestir. Una part dels terrenys que havia ocupat el monestir en el centre de la ciutat foren venuts per edificar-hi blocs d'habitacles i les oficines de l'Institut Nacional de Previsió. Una altra part serví per eixamplar els carrers de les Bernardes i de les Hortes.

L'any 1939 l'església parroquial del Mercadal, havia perdut el campanar, el teulat i la volta i bona part de les parets, però es conservava una part de les antigues estructures. Què s'havia de fer? La decisió no era fàcil, hi havia dubtes sobre el futur d'aquell, temple mutilat. Evidentment que o bé s'havia de reconstruir en el mateix lloc o en un altre a determinar. La demarcació parroquial era molt extensa, abastava tota la Girona de l'esquerra de l'Onyar. El rector del Mercadal morí, recent acabada la guerra. De moment exercia les seves funcions un ecònom que per la seva situació de provisionalitat no podia prendre decisions de tal envergadura. El tema del futur del temple es debatria entre el Bisbe, la Junta d'Obra parroquial i l'Ajuntament. Els diversos estaments es reuniren reiteradament, per decidir la decisió a adoptar. Es contemplaven diverses opcions. Una d'elles era vendre el solar amb el temple mig enrunat, i construir-ne un de nou en un altre emplaçament, que podria ser més assequible des de tot l'àmbit parroquial. Una altra solució proposada era reconstruir el temple en el mateix lloc, però canviant la seva orientació, obrint l'entrada on hi ha ara el presbiteri, i desplaçant aquest on s'hi troba la porta principal. I en aquest cas disposar una àmplia plaça en terrenys de l'antic monestir, ampliant la que havia estat plaça de les Bernades. La tercera opció consistia en reconstruir l'edifici tal com era abans de la seva mutilació. Aquesta era la solució més econòmica, i la que s'adaptava millor al sentimentalisme de molts feligresos. I aquesta va ser la conclusió a què s'arribà. Tanmateix el temple no quedà exactament com abans, ja que es retocaren alguns detalls. S'amplià el presbiteri, com també les capelles laterals. I de moment es deixà la construcció del campanar per més endavant, quan l'economia parroquial ho permetés. Així en relativament poc temps es pogué deixar l'obra en les suficients condicions per restablir-hi el culte. I el mes de maig de l'any 1943 se celebrà la solemne benedicció del temple recuperat.