L’octubre del 1951 els països àrabs van plantejar a les Nacions Unides l’anomenada «qüestió marroquina», que no era altra que la recuperació de la sobirania del país i el final dels Protectorats de França i Espanya sobre el vell regne que havia gaudit de plena independència abans de 1912. El context de relacions hostils entre Espanya i França (on es refugiaven un bon nombre dels opositors republicans al règim franquista) es va projectar també en la descolonització del Marroc. El 20 d’agost de 1953, el sultà Ben Youssef va ser destronat i deportat a Còrsega i després a Madagascar, i s’instaurà al seu lloc Muley Ben Araffa amb un alt nivell de sintonia amb el govern francès, que va recolzar indirectament diverses marxes de protesta contra el sultà deposat. Espanya, per contra, no va reconèixer el nou sultà i va donar a la zona certa cobertura a l’activitat dels nacionalistes marroquins. Era el principi d’una etapa de turbulències i discrepàncies entre Espanya i França a compte de la seva condició de potències colonials als protectorats del Marroc.
L’escenari de tensions i sorgiment del moviment nacionalista marroquí va portar els Estats Units a estimular unes negociacions secretes impulsades pel secretari d’Estat John Foster Dulles. Mentre França va ser sensible a les pressions de l’administració nord-americana i es van obrir negociacions secretes amb els nacionalistes marroquins a Aix-les Bains (França) i a Antsirabé (Madagascar), Espanya no va ser sensible en el mateix grau a les pressions exercides per l’administració nord-americana. Resultat d’aquestes negociacions entre França i els nacionalistes marroquins va ser l’acord de 5 de novembre de 1955, en virtut del qual era reposat Muhammad V (el sultà Ben Youssef) al tron, alhora que França expressava la seva voluntat de concedir en un breu termini la independència al Marroc. L’anunci de l’acord va agafar desprevingut el Govern espanyol de Franco que no es va voler sumar, pel que fa al Protectorat espanyol, al procés cap a la independència del Marroc anunciada per França. La posició espanyola va provocar un greu dany a la reputació davant el món àrab i una forta decepció entre els marroquins, que a partir d’aquell moment i en endavant van secundar les tesis irredemptistes de l’Istiqlal (partit central i clau en la independència del Marroc) en relació amb les places i territoris espanyols al Nord-oest d’Àfrica. A Espanya no li va quedar més remei que sumar-s’hi a remolc de la diplomàcia francesa. Els fets es van precipitar: el 13 de gener del 1956, el Govern d’Espanya va decidir donar llum verda a la independència dels seus territoris al Marroc sempre que ho demanés el Sultà i que les negociacions d’aquest amb les dues potències colonitzadores fossin simultànies. Aquest darrer extrem no es va complir, ja que França va concedir la independència el 2 de març de 1956 i el Protocol hispano-marroquí pel qual es concedia la independència es va demorar fins al 7 d’abril del mateix any.
La reacció inicial contrària del règim de Franco a concedir la independència al Protectorat espanyol del Marroc després de conèixer l’acord francès de 5 de novembre de 1955 pel qual s’acordava concedir a independència de la part sota Protectorat francès del Marroc més la demora d’alguna cosa més d’un mes a concedir la independència dels territoris el 1956, va deixar un pòsit de recel que ajuda a entendre algunes de les tensions i el rerefons de les relacions entre Espanya i el Marroc després de la independència del segon.
Juan B. Vilar descriu (Vilar, 2005) de la següent manera els errors espanyols en el moment que es va precipitar la independència del Marroc el 1956: «Els governants espanyols del moment es van deixar portar per fòbies antifranceses que no tenien res a veure amb el Marroc, cosa que va determinar errors tan de primer ordre com no preveure l’actitud possibilista del sultà respecte a França, preferint oblidar la persecució que havia estat objecte per tal d’arribar a un acord satisfactori per al seu país, ni assumir des del principi la decisió unilateral de París de concedir la independència. En cas que s’hagués actuat amb més pragmatisme, ni tan sols en l’última i crucial etapa de la crisi marroquina, s’hauria salvat la imatge a l’exterior i, sobretot, no s’haurien iniciat amb tan mal peu les relacions amb el Marroc, cridades a ser en extrem tenses i conflictives. Per tot això, la independència del Marroc el 1956, pel que fa a Espanya, no tanca el cicle descolonitzador d’aquest país, ans al contrari, és el començament d’un altre irredemptista, encara no conclòs».
Un cop més va xocar el principi de realitat amb què França va conduir el procés de descolonització del protectorat marroquí amb les ganes del govern espanyol de negar la realitat i mantenir el domini. El govern de Franco ni va obrir negociacions amb els nacionalistes que empenyien per la independència ni va pactar un escenari de bones relaciones pel dia després de la seva retirada, com sí que va fer França.
Com apunta Vilar, la falta de pragmatisme d’Espanya –quan ja es veia arrossegada pel moviment de França– han marcat les difícils relacions posteriors amb el Marroc independent. No hi va haver en el tardofranquisme un projecte d’influència cultural i política en les antigues possessions colonials, com sí que van fer el Regne Unit i França. El que posteriorment es va teoritzar com el soft power (Joseph Nye) de les nacions, no era present en les decisions estratègiques d’un govern poca avesat a la política internacional. Per ser més precisos, Castiella sí que va voler jugar aquest paper d’una Espanya influent en les seves antigues colònies mentre que el complex del poder de la presidència del Govern sota la constant batuta de Luis Carrero Blanco va jugar més a curt i més a retenir les possessions entre motivacions d’explotació econòmica i la tossuderia que la unitat d’Espanya també es jugava a Àfrica. Carrero Blanco i la seva camarilla s’inspiraven en la política del dictador portuguès Salazar, que no concebia Portugal i el seu projecte d’Estado Novo sense les colònies. Cap de les dues posicions immobilistes –la de Portugal i la d’Espanya– van ser beneficioses per les futures relacions amb les excolònies convertides en nous Estats.
Sens dubte, les formes en què Espanya va arribar a concedir la independència al Protectorat espanyol al Marroc van marcar la no pacífica resolució del contenciós que el Marroc planteja sobre els territoris espanyols a l’Àfrica continental: Ceuta i Melilla.
