L'Obreria de Sant Isidre i Sant Benet de Tossa ha impulsat una excavació arqueològica a l'ermita de Sant Benet que ha conclòs que podria ser la primera església parroquial de Tossa de Mar. I és que les restes localitzades han evidenciat reformes al llarg del temps que situen a l'indret una capella anterior a l'actual, de dimensions més reduïdes, que referma la hipòtesi. L'excavació, dirigida per Jordi Merino, es va plantejar inicialment com una intervenció per localitzar l'origen de les humitats que cobrien part del paviment actual. Amb els treballs, han quedat al descobert restes de diferents èpoques, paviments i estructures que expliquen les obres i reformes que ha patit l'església fins a arribar al primer temple, del segle X, fins a saber de forma molt aproximada les mides reals de l'original. La troballa de ceràmica ibèrica, així com un fragment de tegula romana descontextualitzada, permet pensar en la possible existència d'un nucli de poblament antic situat entorn de Sant Benet. I és que el context històric parteix dels canvis produïts a partir del baix imperi romà, quan es van anar ocupant terres més allunyades de la costa, en indrets més protegits i defensables, propers als cursos d'aigua i aptes pels conreu.

Un d'aquests casos seria el de l'ermita de Sant Benet, que ocuparia un indret ja habitat en l'antiguitat, i per tant, amb tradició d'ocupació i potser també de culte. Era una església feta gràcies a la pietat popular pels habitants del lloc. Va estar en mans laiques des del 966 fins al 1097, després va passar a ser domini del monestir de Santa Maria de Ripoll. Sembla que al segle X ja era parròquia, però, tot i ser la primera de Tossa i aglutinar població propera, no es va formar mai un hàbitat al seu voltant. Amb la construcció de la Vila Vella a la costa i la impossibilitat de formar la vila a l'interior, l'església va perdre la parroquialitat i el conjunt de masos que hi estaven vinculats va esdevenir un veïnat.