Segons ha avançat el consell comarcal del Baix Empordà -encarregat de la gestió de l'església- les pintures són medievals d'estil gòtic amb una datació, a priori, del segle XIII, amb paral∙lels similars al saló del Tinell de Barcelona i al palau dels arquebisbes de Narbona (França). A banda d'aquestes pintures, els resultats d'aquests treballs han permès localitzar alguns fragments de pintures barroques i renaixentistes.

El monestir de Sant Miquel de Cruïlles és un conjunt benedictí declarat com a Bé Cultural d'Interès Nacional (BCIN) des de 1931. Aquest monestir alberga importants pintures romàniques com ara un fris de lleons situat a l'absis central de l'església i un fragment de la traïció de Jesús per part de Judes Iscariot. També existeixen moltes obres d'art moble que actualment estan dipositades al museu d'Art de Girona com una biga policroma amb escenes romàniques d'una processó.

Aquest monestir ha estat en desús i en estat gairebé d'abandó durant molt anys. A través d'un conveni signat entre el Bisbat de Girona, la Generalitat de Catalunya, la Diputació de Girona, l'Ajuntament de Cruïlles, Monells i Sant Sadurní i el Consell Comarcal del Baix Empordà s'ha cedit l'ús de l'església al Consell Comarcal del Baix Empordà per un termini de 90 anys. Aquesta cessió comporta una primera fase de restauració de l'església que s'ha iniciat el passat mes d'octubre.

Abans d'iniciar les obres de restauració de l'església s'han realitzat tot un seguit de cales pictòriques a totes les parets del temple per tal de comprovar si hi havia pintures sota l'emblanquinat de calç que cobreix tota l'església. La duració d'aquests treballs ha estat de tres setmanes i l'ha executat l'empresa de restauració Consorzio Artigiano Arcovaleno amb seu a Roma i a Barcelona. El cost total d'aquesta actuació ha estat de 6.689 euros, que han estat finançats íntegrament pel Departament de Cultura i Mitjans de Comunicació.