En les seves tasques de fiscalització dels expedients de contractació relatius a l'empresa pública Gisa, la Sindicatura de Comptes hauria començat a detectar anomalies des de l'any 2000 fins al 2007. Els darrers tres anys encara no estan auditats. Les irregularitats s'haurien començat a percebre ?l'any 2000 en veure que no es complien els principis de publicitat i concurrència durant la contractació de serveis no relacionats directament amb les obres. Aquesta màcula s'estén en els successius informes emesos per aquest organisme.

És doncs a partir de les auditories de 2001 i 2002 que s'observen certes anormalitats que s'aniran mantenint en el temps i que inclouen la creació d'uns subcriteris que són objecte de puntuació en els informes de valoració però que no s'expliciten en el plec de bases dels concursos. En les mateixes auditories, la Sindicatura també detecta com hi ha anuncis d'adjudicacions que es publiquen fora de termini en el Diari Oficial de la Generalitat o com alguns expedients superen l'import de l'aval en més d'un 10% contravenint el Text Refós de la Llei de Contractes de les Administracions Públiques (TRLCAP).

Respecte a això indica que la fixació de percentatges de fins a un 20% no només vulneren la normativa sinó que dificulten la concurrència a les licitacions. Aquest criteri pot fer que les empreses més petites no es puguin presentar al concurs.

Amb relació als contractes adjudicats per procediments negociats evidencia que "normalment" Gisa no elabora plec de clàusules administratives particulars. Prosegueix explicitant que en els supòsits dels procediments negociats sense publicitat s'adjudiquen contractes en base a "imperiosa urgència" o "raons tècniques" que no queden justificades perquè, entre altres coses, eviten que totes les empreses amb possibilitats puguin optar a la concessió.

A partir del 2004, però, la Sindicatura de Comptes detecta una nova anomalia pel que fa al plec de bases de les licitacions de Gisa que coincideix amb la reconeguda per l'Oficina Antifrau de Catalunya en els expedients de contractació de la Diputació de Girona. En aquest cas, observa com el criteri de valoració econòmica que usarà Gisa tindrà en compte la mitjana de totes les ofertes atorgant l'obra a l'empresa que s'acosti més a aquesta. Això impedeix que l'oferta més econòmica sigui la que obtingui millor puntuació. En base a aquesta fórmula de puntuació és com suposadament el càrtel d'empreses que es repartien l'obra pública a Girona alteraven els concursos per repartir-se les licitacions. No obstant això, l'ús d'aquest sistema de puntuació es deixa d'esmentar a partir del 2006.

En el darrer informe emès per la Sindicatura de Comptes -amb relació a l'any 2007- també s'observen un seguit d'al·legacions de Gisa encaminades a justificar aquestes anormalitats. Per exmple, amb relació a la inexistència de plecs de clàusules en determinats procediments negociats l'empresa pública manifesta que la necessitat dels mateixos "és un criteri jurídic de la Sindicatura que no comparteix" al·legant que es tracta d'una interpretació de l'article 2.1 de la TRLCAP. Aquest mateix argument és emprat per defensar que la fiança definitiva en alguns concursos sobrepassi el 10% màxim permès.

Sobre la injustificació d'algun procediment negociat sense publicitat Gisa manifesta que això obeeix a una qüestió de terminis aconseguint que la manca de ?concurrència redueixi el temps necessari per efectuar les adjudicacions.

Tanmateix, la Sindicatura, després d'haver revisat les exposicions de l'empresa pública, considera innecessari alterar el text del seu informe "per entendre que les al·legacions trameses són explicacions que confirmen la situació descrita" o contenen informacions que no es corresponen o bé no en comparteix els judicis.