Els vitralls de la Basílica de Santa Maria de Castelló d'Empúries apareixen al butlletí Rescat de la Generalitat com un dels Béns Mobles destacats de Catalunya. Se'ls considera dels més importants al costat d'altres com els de l'església de Santa Maria de Pedralbes o la Catedral de Santa Maria de Barcelona. Recentment se n'han restaurat de la capella de Sant Cristòfor i s'espera iniciar noves actuacions.
En aquest butlletí es posa un èmfasi especial al vitrall. Tradicionalment la seva conservació havia quedat sota la responsabilitat dels arquitectes, que al seu torn contractaven artesans del vitrall. A Catalunya hi ha hagut importants nissagues de vitrallers, i, de fet, algunes encara estan en actiu. La importància dels vitralls i de les vidrieres catalanes d'època medieval, moderna i també les d'estil modernista fa que esdevinguin un dels béns culturals artístics a preservar de forma prioritària. L'Ajuntament destaca que fa seixanta-cinc anys que Joan Ainaud de Lasarte i Manuel Mundó van dirigir l'estudi i posterior publicació de quatre volums dels vitralls gòtics catalans, impulsat per l'Institut d'Estudis Catalans. Això va suposar l'inici del programa Corpus Vitrearum Medii Aevi, que inclou els vitralls de la Basílica de Santa Maria, tant els d'època medieval (segles XIII-XIV) corresponents a l'absis de la Basílica, com el recentment restaurat vitrall de la capella de Sant Cristòfor, d'època moderna (segles XVI-XVII), pel vitraller artesà Miquel Orós i amb la supervisió del Centre de Restauració de Béns Mobles (CRBM). S'espera poder intervenir en breu en més vitralls.
