14 desembre 2006 L´Associació per a la Recuperació de la Memòria històrica (ARMH) presenta a l'Audiència Nacional una denúncia per la desaparició de 30.000 persones durant la Guerra Civil i el franquisme.
31 gener 2008 La Fiscalia de l'Audiència Nacional s'oposa a l'admissió a tràmit de la denúncia de l´ARMH i de set més presentades posteriorment.
27 juny 2008 n Garzón demana als Ministeris de l'Interior i de Defensa que li remetin els informes que tinguin sobre els desapareguts durant la Guerra Civil i el franquisme per determinar si és competent per investigar els fets i sol·licita als denunciants un llistat complet de víctimes.
1 setembre 2008 n Garzón demana a l'abat del Valle de los Caídos, a l'Arxiu General de l'Administració, a la Conferència Episcopal i al Centre Documental de la Memòria Històrica que l´nformin sobre el nombre de desapareguts durant la Guerra Civil i el franquisme abans de determinar si és competent per instruir la causa.
2 setembre 2008 Garzón dóna un termini de quinze dies a les associacions de familiars de desapareguts que han presentat denúncies en el seu Jutjat perquè li facilitin una relació dels desapareguts i de la possible ubicació de les fosses.
22 setembre 2008 Garzón rep una llista amb els noms de 143.353 desapareguts en la Guerra Civil i la dictadura, lliurada per la Plataforma de Víctimes de Desaparicions Forçades pel Franquisme.
25 setembre 2008 Garzón dicta una providència en la qual amplia la seva petició d'informació sobre el nombre de morts i desapareguts a diferents organismes estatals.
16 octubre 2008 Garzón es declara competent per investigar els fets en estimar que es tracta d'un delicte que encaixa en el context de crims contra la humanitat i que, per tant, no ha prescrit.
En un acte, admet a tràmit les denúncies de 22 associacions de familiars de desapareguts autoritza exhumacions en 19 fosses localitzades a tot Espanya, entre les quals la que se suposa que alberga les restes del poeta Federico García Lorca.
17 octubre 2008 Garzón converteix de diligències prèvies en sumari la causa, amb la intenció que el fiscal -que sosté que el jutge no és competent- es vegi obligat a recórrer les seves decisions davant seu i no davant la instància superior, la sala penal de l'Audiència Nacional.
20 octubre 2008 n La Fiscalia interposa un recurs d'apel·lació davant la sala penal contra la decisió d'aquest de declarar-se competent.
7 novembre 2008 La sala penal acorda paralitzar l'exhumació de les restes dels desapareguts en la Guerra Civil i el franquisme autoritzades per Garzón fins a decidir si el magistrat és o no competent per investigar els fets, accedint així a una petició de la Fiscalia en aquest sentit.
18 novembre 2008 Garzón deixa d'investigar el franquisme i s'inhibeix a favor dels jutjats dels llocs on s'ubiquen les fosses amb les restes dels desapareguts, però insisteix que els delictes «romanen» i acusa el franquisme d'arrabassar a la seva identitat a milers de nens per educar-los en l'«afecció al règim».
