La Universitat de Barcelona (UB), l'Autònoma (UAB) i la Politècnica de Catalunya (UPC), les tres universitats catalanes més grans i antigues, acumulen un dèficit de 192,3 milions d'euros, segons xifres de l'exercici econòmic del 2007 facilitats per cada centre.
La UAB acumula un dèficit pressupostari de 20 milions d'euros, mentre que a data de 31 de desembre del 2007, el de la UPC va ser de 72,3 milions d'euros. Tot i així, el cas de la UB és el més acusat, ja que té un dèficit de 100 milions d'euros acumulat. Aquesta universitat genera anualment, uns 20 milions de dèficit. Tot i així, com que l'activitat de les altres universitats obté xifres positives, el dèficit sol quedar compensat.
La Sindicatura de Comptes encara no disposa de dades relatives a l'exercici de l'any 2008, però els presentarà pròximament davant del Parlament de Catalunya. Un dels arguments que poden justificar aquest endeutament públic és la construcció en totes els universitats de Parcs Científics, l'endeutament correspon "majoritàriament" als avançaments reintegrables atorgats pel Ministeri d'Educació i Ciència pel finançament de Parcs Científics i Tecnològics.
